デフォルトだとaタグにhref以外の属性値をつけてくれませんが、設定を追加してtarget="_blank"やrel="nofollow"を追加する方法です。

JSやCSSはブラウザでキャッシュされてしまって変更しても読み込んでくれなかったりするのでJSやCSSのファイル名にハッシュ値を含めたりURLの末尾にユニークな文字列をつけて別URL扱いにしてキャッシュを無視するようにする鉄板テクがありますがHugoでいい感じにそれをやる方法。

Hugo の内部でMarkdownをHTMLに変換するのにBlackfriday を使っておりBlackfridayにオプションを渡せる様になっているので出力されるHTMLを少しだけカスタマイズできるようになっています。
たとえばデフォルトだとaタグにhref以外の属性値をつけてくれないけど設定するとtarget="_blank"やrel="nofollow"を追加できます。

2020/02/10更新 バージョンアップで設定方法が変更になったので追記しました